「JavaScript の『本気』な勉強 - daily dayflower」での質問に横から勝手に答えちゃいます。

初学者の入り口として既存のライブラリを使うのは

どちらかというと望ましい。ブラウザのイベント周りの非互換性など、JavaScript と関係ない部分で悩まずにすむのは便利だと思います。

(初学者であれ) JavaScript の仕様に沿ったメカニズムについて

学習すべきである。いきなり ECMAScript 仕様を読めというつもりはありませんが、体系的な学習はしたほうがいいかと。

DOM 構築後のスクリプト実行についてどう教える?

ライブラリを使うならそのライブラリの機能を使って、使わないなら body 要素の内容の終端に script 要素をおくか、もしくは load イベントのイベントリスナで。

自分で書く場合

自家製ライブラリを利用している。今度このブログのレイアウトを変更するときには jQuery を使ってみようかなとも思っていますが。

書いていて思ったのですが、これはプログラミングとアプリケーション開発という軸からすれば、プログラミングよりの視点ですね。同じ視点からすれば、DOM/BOM は基礎というよりも応用であり、「W3C DOM等（基礎知識を）知りませーん」という人を「JavaScriptを本気で勉強した人」といえるかと問われれば「いえる」と思います。

Perl ライブラリ jcode.pl は CGI での使用が最も多かったでしょうが、作者の歌代さんは (少なくとも CGI 普及期には) 一度も CGI を書いたことがなかったそうです。Web ブラウザでのクライアントサイドスクリプティングは、JavaScript の最大の利用箇所ではあっても唯一の利用箇所ではありません。「JavaScript の勉強」といった場合、ブラウザにとらわれることはないと私は考えています (dayflower さんの質問とだいぶずれていますが)。